Pembangunannya selesai pada 19 Agustus 1929 dan secara resmi digunakan pada 8 Oktober 1929. Acara peresmiannya dilakukan secara besar-besaran dengan penanaman kepala kerbau oleh Gubernur Jendral jhr. A.C.D. de Graeff yang berkuasa pada Hindia Belanda pada 1926-1931.
Di balik kemegahan stasiun ini, tersebutlah nama seorang arsitek Belanda kelahiran Tulungagung, 8 September 1882, yaitu Frans Johan Louwrens Ghijsels. Bersama teman-temannya seperti Hein von Essen dan F. Stolts, lelaki yang menamatkan pendidikan arsitekturnya di Delft itu mendirikan biro arsitektur Algemeen Ingenieur Architectenbureau (AIA). Karya biro ini bisa dilihat dari gedung Departemen Perhubungan Laut di Medan Merdeka Timur dan Rumah Sakit PELNI di Petamburan yang keduanya di Jakarta serta Rumah Sakit Panti Rapih di Yogyakarta.
Stasiun ini, pada zaman kolonial ada dua, yaitu Batavia NIS (Batavia Noord) dan Batavia BOS (Batavia Zuid). Setelah kedua stasiun tersebut dibeli oleh pemerintah kolonial, perusahaan kereta api negara Staatsspoor en Tramwegen, berencana untuk membangun stasiun besar baru di atas lahan Stasiun Batavia BOS yang mulai ditutup sejak tahun 1923.
baca juga : 6 Oktober 1965 : Ade Irma Suryani Nasution Hembuskan Nafas Terakhir Di RSPAD Jakarta
Sebagai gantinya, maka stasiun Batavia Noord eks-NIS yang berjarak 200 meter ke arah Utara sebagai stasiun utama untuk melayani penumpang. Tahun 1926, stasiun eks-BOS mulai dibongkar. Pembangunan ini adalah proyek dari pembangunan gedung stasiun milik negara, maka Burgerlijke Openbare Werken, (Departemen Pekerjaan Umum Hindia Belanda), terlibat dalam pembangunannya.
Stasiun Beos merupakan karya besar Ghijsels yang dikenal dengan ungkapan Het Indische Bouwen yakni perpaduan antara struktur dan teknik modern barat dipadu dengan bentuk-bentuk tradisional setempat. Dengan balutan art deco yang kental, rancangan Ghijsels ini terkesan sederhana meski bercita rasa tinggi. Sesuai dengan filosofi Yunani Kuno, kesederhanaan adalah jalan terpendek menuju kecantikan.
Stasiun Jakarta Kota akhirnya ditetapkan sebagai cagar budaya melalui surat keputusan Gubernur DKI Jakarta No. 475 tahun 1993. Walau masih berfungsi, di sana-sini terlihat sudut-sudut yang kurang terawat. Keberadaannya pun mulai terusik dengan adanya kabar pembangunan mal di atas bangunan stasiun.
Demikian pula kebersihannya yang kurang terawat, sampah berserakan di rel-rel kereta. Selain itu, banyak orang yang tinggal di samping kiri kanan rel di dekat stasiun mengurangi nilai estetika stasiun ini. Kini pihak KAI melalui Unit Pelestarian Benda dan Bangunan Bersejarah telah mulai menata stasiun bersejarah ini. (sumber wikipedia)