Selanjutnya sebelum era reformasi, kekuatan tersebut ditambah dengan masuknya satuan Detasemen Jala Mangkara dan Rumah Sakit TNI AL Marinir Cilandak sebagai Komando Pelaksana Korps Marinir Pada Era Reformasi (1998), Prajurit-prajurit Korps Marinir tercatat memiliki peran yang cukup besar dalam meredam dan mengeliminasi dampak dari kerusuhan-kerusuhan tersebut. Korps Marinir, bukan saja berhasil dalam menangani dan meredam gerakan dan aksi massa tetapi juga Prajurit-prajurit Korps Marinir telah mampu menjadi bagian penting penyelamat bagi kelangsungan hidup berbangsa dan bernegara di negeri ini.
Demikian juga dalam mengatasi kerusuhan bernuansa SARA yang terjadi di Maluku dan Maluku Utara, Korps Marinir telah mampu menunjukkan dirinya sebagai prajurit profesional. Dengan pendekatan yang persuasif, Prajurit-prajurit Korps Marinir bisa diterima menjadi mediator dan penengah bagi kelompok-kelompok yang bertikai. Bahkan lebih dari itu keberadaan Prajurit-prajurit Korps Marinir di daerah konflik itu mampu menjadi motivator dan dinamisator bagi rekonsiliasi dan perdamaian.
baca juga : 29 Oktober 1984 : Peristiwa Meledaknya Gudang Amunisi Korps Marinir TNI AL di Cilandak Jakarta
Dalam rangka meningkatkan pembinaan dan standardisasi kemampuan tempur pasukan Marinir, Kepala Staf TNI AL mengeluarkan keputusan Nomor. Kep/08/III/2001 tanggal 12 Maret 2001 tentang likuidasi Brigif-1 Marinir, Brigif-2 Marinir, Menbanpurmar dan Menbanminmar selanjutnya membentuk Pasukan Marinir-1 (Pasmar-1) dan Brigade Marinir Berdiri Sendiri (Brigmar BS).
Dengan demikian Satuan-Satuan Komando Pelaksana Korps Marinir terdiri dari Pasukan Marinir-1 di Surabaya, Lanmar Surabaya, Kolatmar di Surabaya, Brigmar BS di Jakarta, Denjaka di Jakarta, Lanmar Jakarta dan Rumkitalmar Cilandak di Jakarta. Kekuatan Pasmar-1 terdiri dari Brigade Infanteri Marinir, Resimen Kavaleri Marinir, Resimen Artileri Marinir, Resimen Bantuan Tempur Marinir, Batalyon Intai Amfibi serta 4 Batalyon Marinir Pertahanan Pangkalan.
Sedangkan Kekuatan Brigade Marinir BS terdiri dari 3 Batalyon Infanteri Marinir, Detasemen Bantuan Tempur, Detasemen Kavaleri, Detasemen Artileri, Detasemen Intai Amfibi dan 2 Batalyon Marinir Pertahanan Pangkalan. Pada tahun 2004 terjadi pula reorganisasi kekuatan di tubuh Korps Marinir dengan terbentuknya Pasmar-2 hasil likuidasi Brigmar BS. Kekuatan yang dimiliki Korps Marinir saat itu adalah Pasmar-1 yang membawahi Brigif-1 Marinir, Menkav-1 Marinir, Menart-1 Marinir, Menbanpur-1 Marinir, Yon Taifib-1 Marinir dan 4 Yonmarhanlan.
Pasmar-2 yang membawahi Brigif-2 Marinir, Menkav-2 Marinir, Menart-2 Marinir, Menbanpur-2 Marinir, Yon Taifib 2 Marinir dan 4 Yonmarhanlan. Selanjutnya terdapat pula Brigif-3 Marinir yang membawahi Yonif-7, 8 dan 9 Marinir. Komando Pelaksana lain berupa 2 Lanmar Jakarta dan Surabaya, Kolatmar, Denjaka dan Rukitalmar Cilandak. Marinir ke depan Seiring dengan rencana validasi organisasi TNI Angkatan Laut yang akan dikembangkan menjadi Komando Armada RI dengan membawahi 3 Komando Wilayah Laut, maka organisasi Korps Marinir pun akan mengalami validasi dengan adanya pengembangan kekuatan menjadi 3 Pasmar.
Validasi yang terjadi di jajaran Korps Marinir adalah Likuidasi Resimen Artileri, Resimen Kavaleri, Resimen Bantuan Tempur Pasmar 2, Batalyon Marinir Pertahanan Pangkalan (Yonmarhanlan) III Jakarta dan Yonmarhanlan V Surabaya, perubahan Yonmarhanlan menjadi Yonif & diregrouping dalam hubungan Brigade Infanteri, pembentukan Dinas Pemeliharaan dan Perbaikan Korps Marinir, Satuan Intai Para Amfibi Korps Marinir dan Detasemen Zeni Korps Marinir. (sumber wikipedia)